Archäologische Funde belegen die erste Besiedlung der Mühlhauser Flur ab der Jungsteinzeit, eine dauerhafte Besiedelung lässt sich ab der Bronzezeit 1600 v. Chr. belegen. Aus der Römerzeit stammen Ruinenreste einer römischen Töpferei und eines Gutshofes (Villa Rustica) südlich der ehemaligen B16.
Die erste schriftliche Erwähnung ist datiert auf 1275.
Am 1. März 1288 wurde die Pfarrei Mühlhausen mit ihren Kirchenpatronen Peter und Paul durch Bischof Reinboto von Mylenhart in die Domdechantei zu Eichstätt zur Aufbesserung des Eichstätter Einkommens inkooperiert.
Graf Gebhart von Hirschberg, der hier die Territorialgewalt inne hatte verkaufte 1290 einen Hof an das Zisterzienser-Kloster Kaisheim.
Nach dessen Tod 1305 fiel Mühlhausen an den Bischof von Eichstätt und an seine Neffen Rudolf und Ludwig, Herzoge von Bayern.
Die Erben Rudolf und Ludwig schenkten den großen Hof zu Mühlhausen und einen weiteren dem Angerkloster in München, um ihr Seelenheil zu erlangen.
Das Hl. Geist Spital in Ingolstadt und das Kloster Neuburg besaßen weitere Höfe in Mühlhausen.
Geschichte der Pfarrkirche St. Peter & Paul
1480 besaß die Kirch kaum so viel Geld um das ewige Licht erhalten zu können. Die Ummauerung der Kirche lies der damalige Pfarrer auf seine eigenen Kosten ausführen.
Während des Schmalkalden Krieges 1546 und 1552 wurde die Kirche von hessischen Soldaten und vom Heer der Unierten ausgeraubt, entweiht und schändlich zugerichtet.
Die Witwe des Kaspar Kerners erhielt das Pfarrwidum 1609 gegen ein Darlehen von 300 Gulden erbrechtsweise verliehen.
Ab dem Jahre 1639 begann die Aufzeichnung der Pfarrmatrikel nach dem im Dreißigjährigen Krieg alle vorhandenen Pfarr- und Kirchenbücher verbrannten.
Als der Fürstbischöfliche Baumeister Jakob Engel 1699 das arme Gotteshaus visitierte, schrieb er, dass der baufällige Turm neu errichtet werden soll. Die Baukosten wurden auf 870 Gulden geschätzt. 1761 wurde das Kirchendach und 1787 die Friedhofsmauer instandgesetzt.
Die Mühlhauser Kirche erhielt 1870 eine gebrauchte Orgel vom Kloster Gnadenthal, dafür musste bei jeder Sonn- und Feiertagsmesse ein „Vater unser“ und ein „Ave Maria“ zu Gunsten des Klosters Gnadenthal gebetet werden.
1904 wurde die Orgel durch eine neue ersetzt. Während des Ersten Weltkrieges mussten die Zinnpfeifen und eine Glocke bei der Materialmobilmachung abgegeben werden.
1927 wurde die Filiale Dünzlau mit Heindlmühle aus der Pfarrei Gerolfing eingepfarrt.
Umfangreiche Umbauarbeiten und Sanierungen in den 1950er Jahren veränderten das Kircheninnere stark, dabei verschwanden auch die, bis dahin erhaltenen, Wandmalereien.
1960 wurden zwei neue Glocken samt Glockenstuhl angeschafft.
Die barocke Außenfassung wurde bei der Außensanierung 1985 wieder hergestellt.
Die heutige Ansicht des Kircheninneren entstand bei der Innensanierung 1996. 2011 wurde das Dach des Turmes und des Kirchenschiffes erneuert.
Auszug und Kurzfassung aus der Chronik von Mühlhausen von Martin Liebold.
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