Die ersten Kirchen waren Eigenkirchen, d.h. jeder Grundherr, der auf eigenem Grund und aus eigenen Mitteln eine Kirche erbaut hatte, behielt auch das freie Verfügungsrecht darüber. Viele Argumente sprechen dafür, dass in der Flurabteilung am „Lebelbuck“ eine Eigenkirche gestanden hat.

1878 stieß man in einer Kiesgrube am Weg zur Haindlmühle in der Nähe der Abzweigung von der Straße nach Dünzlau (heute steht dort ein Feldkreuz) auf ein menschliches Skelett in sitzender Haltung, von Nord nach Süd schauend. Die reiche Grabausstattung weist auf einen vornehmen Mann hin, auf einen hohen Herrn der damaligen Zeit, auf einen Adeligen aus Gerolfing, der sich in der von ihm gestifteten Kirche begraben ließ.

Zeitgeschichtlich sind die gefundenen Gegenstände der spätmerowingischkarolingischen Epoche zuzuordnen, etwa zweite Hälfte des 8. Jahrhunderts nach Christus. Die Vermutung liegt nahe, dass der heilige Bartholomäus der Patron dieser Kirche war, denn alte Flurbezeichnungen aus dieser Gegend heißen „Barthlgasserfeld“, „Heiligenbuckel“ und die heutige Dünzlauer Straße hieß bis zur Eingemeindung 1972 „Barthgasse“. Eine Standfigur des heiligen Bartholomäus steht rechts auf dem rechten Seitenaltar, dem so genannten Leonhardaltar in unserer Kirche. In den genannten Flurnamen könnte Kirche in Gerolfing ihren Anfang genommen haben. Die Kirche selbst muss man sich als einen Holzbau vorstellen, in der Größe einer Kapelle.

Unsere Pfarrkirche ist dem heiligen Rupert geweiht, dem ersten Bischof von Salzburg. Ein seltenes Kirchenpatronat, denn im Bistum Eichstätt gibt es nur vier Kirchen, die diesen Heiligen zum Patron haben. In Gerolfing könnte der Einfluss der Aribonen so groß gewesen sein, dass sie maßgebend bei der Wahl des Kirchenpatrons mitgewirkt haben. Die Aribonen waren eine bayerische Adelsfamilie, die in Gerolfing großen Besitz hatte und dem Bistum Salzburg im Laufe der Zeit drei Bischöfe stellte. Demzufolge müsste man den ersten Kirchenbau in Gerolfing etwa um 950 n.Chr. ansetzen. Aus dieser Zeit stammt auch der wuchtige Kirchturm mit seinen romanischen Bauelementen.

Die erste schriftliche Nachricht über eine Pfarrei Gerolfing findet sich für das Jahr 1058 in den Büchern des Domkapitels Eichstätt, dessen Eigentum die Pfarrei Gerolfing war.

Der erste Pfarrer wird genannt, als im Jahr 1322 Bischof Marquard von Eichstätt die Pfarrei seinem Domkapitel übereignete.

Auch verschiedene Urkunden über Stiftungen hochgestellter Personen an die Kirche und Bestätigungen dieser Stiftungen durch Bischof und Domkapitel geben Nachricht über die Kirche in Gerolfing.

1546 brannte die Kirche im Schmalkaldischen Krieg ab. Nur der Turm blieb erhalten. Das Kirchenschiff wurde in den folgenden Jahren neu erbaut, aber erst 1564 geweiht.

100 Jahre später, zur Zeit des Dreißigjährigen Krieges zündeten feindliche Truppen den Ort an. Nur etwa zehn Häuser und die Kirche haben diesen Großbrand überstanden. Auch der Pfarrhof brannte nieder. Wie durch ein Wunder überstand die Kirche auch die Großbrände von 1681 und 1833.

Zur feierlichen Grundsteinlegung war aus Eichstätt der hochwürdige Herr Prälat Willibald Regnath gekommen, der im Auftrag von Seiner Exzellenz Bischof Dr. Michael Rackl die kirchliche Weihe und Segnung des Grundsteines vollzog. Der feierliche Zug bewegte sich mit Kreuz und Fahnen von der Notkirche zum Bauplatz. Nach den Schulkindern kam eine Schar weißgekleideter Mädchen und Erstkommunikanten mit brennenden Kerzen. Ihnen folgten zahlreiche Priester aus der Umgebung, zuletzt Prälat Regnath, Dekan Josef Guttenberger aus Lenting und der Ortspfarrer Dr. Alois Mauderer. Ein mächtiges Holzkreuz ragte in der Mitte des neuen Altarraumes empor.

Gebete, Lieder des Kirchenchores, ein Prolog zur Grundsteinlegung, die Ansprache von Prälat Regnath wechselten einander ab. Die Urkunde war in kunstvoller Handschrift geschrieben von Rektor Emil Geßlein und gibt Kunde von den gegenwärtigen Zeiten im Allgemeinen und von den Umständen des Kirchenbaus. Nach dem Verlesen wurde sie zusammen mit Geldmünzen und Zeitungen der damaligen Zeit in eine kupferne Schatulle gelegt, an Ort und Stelle vom Gerolfinger Spengler Martin Eittinger verlötet und vom Maurer Josef Lang in eine Maueröffnung geschoben und eingemauert.

Das Ende der Urkunde lautete:

„Wir legen den Grundstein zu Ehren der heiligsten Dreifaltigkeit, zu Ehren der Muttergottes, zu Ehren unseres Kirchenpatrons, des hl. Rupert, des hl. Leonhard und aller Heiligen. Mögen sie weiterhin unseren Bau schirmen und alles Unglück von uns fernhalten! Rastlos wollen wir mit Gottes Hilfe weiterbauen und den Bau noch in diesem Jahr vollenden. Am Fest unseres Kirchenpatrons, des hl. Rupert, das wir seit uralten Zeiten am letzten Sonntag im September feiern, soll die neue Kirche ihre feierliche Weihe und Segnung erhalten. Dann soll unser Herr und Heiland Jesus Christus, dem wir heute im heiligsten Altarsakrament nach altem Brauch die Straßen des Dorfes anbetend gefolgt sind, aufs Neue seine eucharistische Wohnung bei uns aufschlagen und seine Gnaden und Sakramente von hier spenden, uns und unseren Kindern und Kindeskindern in künftigen Geschlechtern, Gott zur Ehr und uns und unseren Nachkommen zum Heil für Zeit und Ewigkeit! Amen.“

Nun folgten wieder Monate schwerer Arbeit, und wie vorgesehen konnte am 24. September 1938, dem Patroziniumsfest, der erste Gottesdienst in der neuen Pfarrkirche gefeiert werden mit einer stillen, auf den Kirchenraum beschränkten Einweihungsfeier. Die politischen Zeitumstände erlaubten nicht mehr!

Neun Jahre sollten vergehen, bis unsere Pfarrkirche am 28. September 1947 durch Bischof Michael Rackl ihre Weihe erhielt. Aus diesem Anlass wurden auch zwei Jahrgänge Gerolfinger Kinder nicht wie üblich im Münster zu Ingolstadt gefirmt, sondern in Gerolfing, in ihrer Heimatkirche.

Die Pläne des Kirchenneubaues waren ein Werk des Architekten Friedrich Haindl von München, dessen Vorfahren aus Gerolfing stammen. Ein Vergleich mit der alten Kirche zeigt, dass der Architekt keine großen Neuerungen brachte, dass er sich vielmehr in den Proportionen an das Alte gehalten hat. Friedrich Haindl war zu jener Zeit der Architekt der Diözese Eichstätt schlechthin. Etwa 20 Kirchen allein in unserer Diözese sind sein Werk, wie etwa die Willibaldskirche in Oberhaunstadt, St. Anton in Ingolstadt, die Pfarrkirchen von Mörnsheim, Schernfeld und Dollnstein. Für bestimmte Arbeiten hatte er seine Leute. So malte Professor Raab, der Künstler unseres Deckengemäldes, auch die Decke in der Kirche von Oberhaunstatt, verschieden im Motiv, aber gleich im Stil.

Den Bau leitete Maurermeister Otto Koppenhofer von Gerolfing und Gerolfinger Zimmerleute unter Leitung von Zimmermann Andreas Heindl setzten das Dach auf die Kirche.

Der stehen gebliebene Turm erfuhr dann eine gründliche Renovierung im Jahre 1939.

Der Kunsthistoriker nennt unsere Pfarrkirche eine flachgedeckte Saalkirche mit einem um viele Jahrhunderte älteren romanischen Kirchturm mit seinen Rundbogenfriesen. Die apsidialen, seitlichen Anbauten der Taufkapelle im Süden und des Eingangs und der Sakristei im Norden dienen von der Architektur her betrachtet der Windaussteifung, so dass man an den Mauerstärken entsprechend sparen konnte.